Marijnen werd in 1943 geboren in Mechelen. Hij studeerde regie aan het RITCS (Rijks Instituut voor Toneel en Cultuurspreiding) in Brussel. In die periode begon hij al te regisseren voor het Mechels Miniatuur Teater.
Marijnen introduceerde ook het werk van Jerzy Grotowski in Nederland en België. Die Poolse theatermaker was vooral een vernieuwer op het vlak van experimenteel theater.
Daarna trok Marijnen naar de Verenigde Staten, waar hij het experimentele gezelschap Camera Obscura oprichtte.
In de tweede helft van de jaren 70 keerde hij terug naar Europa. Hij was onder meer directeur van het Ro Theater in Rotterdam en intendant bij de Koninklijke Vlaamse Schouwburg (KVS) in Brussel. In Brussel lokte hij Franstaligen naar de KVS en ijverde hij voor een plek voor de Arabische cultuur in de KVS.
Daarnaast regisseerde Franz Marijnen verschillende grote toneelproducties, zoals "Yerma" van Federico Garcia Lorca (NT Gent), "De Koning Sterft" van Eugène Ionesco (NT Gent), "Bataille/bataille" van Georges Bataille (Noord Nederlands Toneel), "Koning Lear" van William Shakespeare (KVS), "Oresteia" van Aeschylus (KVS) en Scarlatti ('t Arsenaal). Grote producties met een experimentele stempel waren zijn handelsmerk.
